Центар за мировне операције састоји се од пет унутрашњих организационих јединица:
– Одељење за људске ресурсе,
– Одељење за оперативно-штабне послове,
– Одељење за обуку,
– Одељење за подршку,
– Група за финансије.
У саставу Одељења за људске ресурсе су Група за кадрове и Група за праћење и координацију, а у саставу Одељења за подршку је Канцеларија.
Једно формацијско место Одељења за обуку је предавач у Центру за обуку за операције подршке миру (PSOTC) у Босни и Херцеговини, што је резултат међусобне сарадње два центра.